Revista nº 802

135 ORIGINAL Actualidad Médica A C T U A L I D A D M É D I C A www.actualidadmedica.es ©2017.Actual.Med.Todoslosderechosreservados Regiones codificantes con baja cobertura en la secuenciación masiva de genes de hipoacusia no sindrómica autosómica dominante Resumen Introducción: La hipoacusia es una de las alteraciones sensoriales más frecuentes, afectando aproximadamente a uno de cada 500 nacimientos, y pudiendoproducirse a cualquier edad en individuos sanos. Gracias a las técnicas de secuenciación masiva, como el análisis del exoma completo, y al uso de estrictos protocolos de filtrado de variantes, se han identificado más de 100 loci relacionados con la hipoacusia no sindrómica. El objetivo de este estudio es diseñar un protocolo para la identificación de las secuencias nucleotídicas de baja cobertura a partir de datos de secuenciación de exoma, particular- mente en los genes causales de hipoacusia no sindrómica autosómica dominante. Materiales y métodos: Cincuenta y cinco individuos (15 pacientes con enfermedad de Meniere y 40 controles) fueron seleccionados para llevar a cabo un análisis genómico mediante secuenciación de exoma completo. Los exones de los genes asociados a hipoacusia no sindrómica autosómica dominante de estas 55 muestras fueron analizados mediante el software Integrative Genome Viewer . Los datos de cobertura se contrastaron con las bases de datos de secuencias de exoma y genoma actuales. Finalmente, se simularon las estructuras primaria y secundaria de las secuencias implicadas con la herramienta bioinformática mfold . Resultados: Trece de los 34 genes de hipoacusia no sindrómica autosómica dominante presentaron una baja cobertura. Veinte de las 24 secuencias exónicas con baja cobertura presentaban un contenido de GC más elevado del considerado como óptimo, y todas ellas contenían, al menos, una estructura secundaria. Los genes con un mayor número de exones con baja cobertura son MYH14, WFS1 y P2RX2. Conclusiones: 1. La secuenciación del exoma humano muestra que muchos de los genes de hipoacusia autosómica no sindrómica dominante presentan baja cobertura en algunos de sus exones. 2. El análisis del contenido de guaninas y citosinas, y la presencia de estructuras secundarias determinan secuencias específicas con problemas de lectura. 3. Es necesario validar los resultados obtenidos por la Secuenciación de Nueva Generación para evitar posibles falsos positivos. Abstract Introduction: Hearing loss is one of the most frequent sensory alterations, affecting approximately one in 500 births, and it may occur de novo at any age in healthy individuals. Thanks to massive sequencing techniques, such as whole exome sequencing, and the use of strict variant filtering protocols, more than 100 loci related to non-syndromic hearing loss have been identified. The aim of this study is to design a protocol for the identification of low coverage nucleotide sequences from exome sequencing data, particularly in the genes responsible for non-syndromic autosomal dominant hearing loss. Materials y methods: Fifty-five individuals (15 cases with Meniere’s disease and 40 controls) were selected to perform a genomic analysis by whole exome sequencing. The exons of the genes related to non-syndromic autosomal dominant hearing loss of the whole sample were analyzed with Integrative Genome Viewer. The coverage was evaluated with the current genomic and exomic databases. Finally, we simulated the primary and secondary structures of the sequences involved with the mfold bioinformatic tool. Iván Morales, Pablo Román-Naranjo, Teresa Requena Grupo de Otología y Otoneurología CTS495, Instituto Biosanitario de Granada (ibs.Granada) Departamento de Medicina Genomica- Centro de Genómica e Investigación Oncológica – Pfizer/Universidad de Granada/ Junta de Andalucía (GENYO), Granada, España Enviado: 31-10-2017 Revisado: 12-11-2017 Aceptado: 06-12-2017 Teresa Requena Otology&NeurotologyGroupCTS495, GENYO,-Centre for Genomics andOncological Research- Pfizer/University of Granada/AndalusianRegional Government Avda de la Ilustración, 114 · 18016 Granada SPAIN Phone. +34 958 715 500-160 / E-mail: mariateresa.requena@genyo.es Palabras clave: hipoacusia, genética, exoma, bioinformática. Keywords: hearing loss, genetics, exome, bioinformatics. Encoding regions with low coverage in massive sequencing of genes of no syndromic autosomal dominant hearing loss DOI: 10.15568/am.2017.802.or01 Actual. Med. 2017; 102: (802): 135-139