Revista nº 814

De Salazar A, et al. | Secuenciación del genoma del SARS-CoV-2 299 Actual Med. 2021; 106(814): 291- 300 La pandemia de COVID-19 ha acelerado la llegada de la secuenciación de genomas completos a los Servicios de Microbiología. En Andalucía se ha organizado un entorno asistencial único, que recoge los esfuerzos de los servicios de microbiología, los servicios de dedicados a la vigilancia en Salud Pública (medicina preventiva y epidemiología), de los centros de referencia para la secuenciación genómica de SARS-CoV-2, del área de bioinformática de la Fundación Progreso y Salud, del Servicio Andaluz de salud, y de la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, y que permite el control y evolución en tiempo real de las características virológicas de SARS-CoV-2. Esta iniciativa debe contemplarse para el abordaje de futuras pandemias y alertas de salud pública en enfermedades infecciosas. 1. Goodwin S, McPherson JD, McCombie WR. Coming of age: ten years of next-generation sequencing techno- logies. Nat Rev Genet 2016;17:333–51. https://doi. org/10.1038/nrg.2016.49. 2. Carla López Causapé C, González Candelas F, Tomás Car- mona M, Oliver Palomo A. Aplicaciones de las técnicas de secuenciación masiva en la Microbiología Clínica. 2021. 71. Procedimientos en Microbiología Clínica. Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC). 2021 3. Liu L, Li Y, Li S, Hu N, He Y, Pong R, et al. Comparison of Next-Generation Sequencing Systems. Journal of Biome- dicine and Biotechnology 2012;2012:1–11. https://doi. org/10.1155/2012/251364. 4. Lu H, Giordano F, Ning Z. Oxford Nanopore MinION Se- quencing and Genome Assembly. Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2016;14:265–79. https://doi.org/10.1016/j. gpb.2016.05.004. 5. Quick J, Loman NJ, Duraffour S, Simpson JT, Severi E, Cowley L, et al. Real-time, portable genome sequencing for Ebola surveillance. Nature 2016;530:228–32. https://doi. org/10.1038/nature16996. 6. Next-Generation Sequencing for Infectious Disease Diagnosis and Management: A Report of the Association for Molecular Pathology. The Journal of Molecular Diagnostics 2015;17:623– 34. https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2015.07.004. 7. Lecuit M, Eloit M. The potential of whole genome NGS for infectious disease diagnosis. Expert Review of Mole- cular Diagnostics 2015;15:1517–9. https://doi.org/10.1 586/14737159.2015.1111140. 8. Comas I, Cancino-Muñoz I, Mariner-Llicer C, Goig GA, Ruiz-Hueso P, Francés-Cuesta C, et al. Uso de las tec- nologías de secuenciación masiva para el diagnóstico y epidemiología de enfermedades infecciosas. Enferm Infecc Microbiol Clin 2020;38:32–8. https://doi.or- g/10.1016/j.eimc.2020.02.006. 9. Gardy JL, Loman NJ. Towards a genomics-informed, re- al-time, global pathogen surveillance system. Nat Rev Ge- net 2018;19:9–20. https://doi.org/10.1038/nrg.2017.88. 10. Dessilly G, Goeminne L, Vandenbroucke A-T, Dufras- ne FE, Martin A, Kabamba-Mukadi B. First evaluation of the Next-Generation Sequencing platform for the detec- tion of HIV-1 drug resistance mutations in Belgium. PLoS One 2018;13:e0209561. https://doi.org/10.1371/journal. pone.0209561. 11. Fernández-Caso B, Fernández-Caballero JÁ, Chueca N, Rojo E, de Salazar A, García Buey L, et al. Infection with multiple hepatitis C virus genotypes detected using com- mercial tests should be confirmed using next generation sequencing. Sci Rep 2019;9:9264. https://doi.org/10.1038/ s41598-019-42605-z. 12. Hendriksen RS, Bortolaia V, Tate H, Tyson GH, Aarestrup FM, McDermott PF. Using Genomics to Track Global Antimi- crobial Resistance. Front Public Health 2019;0. https://doi. org/10.3389/fpubh.2019.00242. 13. Sabat AJ, Budimir A, Nashev D, Sá-Leão R, van Dijl JM, Laurent F, et al. Overview of molecular typing methods for outbreak detection and epidemiological surveillan- ce. Eurosurveillance 2013;18. https://doi.org/10.2807/ ese.18.04.20380-en. 14. World Health Organization. (2018). The use of next-genera- tion sequencing technologies for the detection of mutations associated with drug resistance in Mycobacterium tuber- culosis complex: technical guide. World Health Organiza- tion.  https://apps.who.int/iris/handle/10665/274443. 15. Wagner MA, Wesmiller SW, Maydick M, Gawron LM, Peter- son-Burch FM, Conley YP. Symptom Science: Omics and Response to Non-Pharmacological Interventions. Biolo- gical Research For Nursing 2021;23:394–401. https://doi. org/10.1177/1099800420975205. 16. Quick J, Loman NJ, Duraffour S, Simpson JT, Severi E, Cowley L, et al. Real-time, portable genome sequencing for Ebola surveillance. Nature 2016;530:228–32. https://doi. org/10.1038/nature16996. 17. Boehm E, Kronig I, Neher RA, Eckerle I, Vetter P, Kaiser L. No- vel SARS-CoV-2 variants: the pandemics within the pande- mic. Clinical Microbiology and Infection 2021;27:1109–17. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2021.05.022. 18. CDC. Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Centers for Di- sease Control and Prevention 2020. https://www.cdc.gov/ coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html (acces- sed August 17, 2021). CONCLUSIONES REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS