Suplemento II · Revista nº 814

SECUENCIACIÓN DEL GENOMA DEL SARS-COV-2 EN ANDALUCÍA, METODOLOGÍA Y ESTUDIO DE LAS VARIANTES GENOME SEQUENCING OF SARS-COV-2 IN ANDALUSIA, METHODOLOGY AND STUDY OF VARIANTS Adolfo de Salazar 1 ; Ana Fuentes-López 1 ; Laura Viñuela 1 ; Pedro Camacho-Martinez 2 ; Natalia Chueca 1 ; Laura Merino 2 ; Javier Perez-Florido 3 ; Carlos S. Casimiro-Soriguer 3 ; Joaquín Dopazo 3 ; Nicola Lorusso 4 ; Federico García 1 ; José Antonio Lepe 2 1 Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Clínico San Cecilio, Granada 2 Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Virgen del Rocío, Sevilla 3 Área de Bioinformática, Fundación Progreso y Salud 4 Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, Consejería de Salud Recibido: 30/07/2021 | Revisado: 06/08/2021 | Aceptado: 12/08/2021 Revisión Federico García Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Clínico San Cecilio, Granada E-mail: fegarcia@ugr.es Correspondencia RESUMEN La incorporación de las técnicas de secuenciación genómica mediante secuenciación de nueva generación ha revolucionado la microbiología clínica, innovando y mejorando el diagnóstico clínico de las enfermedades infecciosas. Hoy en día, la secuenciación de genoma completo en enfermedades infecciosas tiene multitud de aplicaciones en virología, en bacteriología y resistencia antibiótica, y en epidemiología y salud pública. Con la aparición del SARS-CoV-2, se ha visto subrayada la importancia del análisis y estudio de las secuencias gené- ticas. Desde la identificación inicial del SARS-CoV-2, hasta la fecha, se han compartido, a nivel mundial, más de 414.575 secuencias genómicas completas a través de bases de datos de acceso público. La capacidad de monitorizar la evolución viral casi en tiempo real tiene un impacto directo en la respuesta de salud pública a la pandemia de COVID-19. En este trabajo se presenta la importancia de la secuenciación genómica en micro- biología, enfermedades infecciosas y epidemiología y salud pública, y se describe cómo se ha implementado la secuenciación de SARS-CoV-2 en Andalucía, y cuales son los principales resultados hasta la fecha. ABSTRACT Implementation of genomic sequencing techniques by next-generation sequencing has revolutionized clinical microbiology, innovating and improving the clinical diagnosis of infectious diseases. Today, whole genome sequencing in infectious diseases has a multitude of applications in virology, in bacteriology and antibiotic resistance, and in epidemiology and public health. With the emergence of SARS-CoV-2, the importance of analyzing and studying genetic sequences has been underlined. Since the initial identification of SARS-CoV-2, to date, more than 414,575 complete genome sequences have been shared globally through public databases. The ability to monitor viral evolution in real-time has a direct impact on the public health response to the COVID-19 pandemic. This work presents the importance of genomic sequencing in microbiology, infectious diseases and epidemiology and public health, and describes how SARS-CoV-2 sequencing has been implemented in Andalusia, and what are the main results to date. Palabras clave: Secuenciación genómica; SARS-CoV-2; Variantes; Andalucía. Keywords: Genome sequencing; SARS-CoV-2; Variants; Andalusia. Secuenciación genómica: bases metodológicas El genoma constituye el material genético propio de un organismo, el cual viene determinado por las ba- ses nucleotídicas que se unen entre sí y conforman su ADN. El proceso de secuenciación permite conocer el orden preciso de las bases nitrogenadas de una cadena de ADN, determinando su secuencia nucleotídica y el posterior análisis de la misma. En el ámbito de la Microbiología Clínica la caracteri- zación genética del microorganismo en cuestión nos permite identificar al patógeno involucrado en la in- Actual Med. 2021; 106(814). Supl2: 60-70 SÍNTESIS DE LA REVISIÓN · S U P L E M E N T O · Sociedad Andaluza de Microbiología y Parasitología Clínicas