Revisión

Secuenciación del genoma del Sars-CoV-2 en Andalucía, metodología y estudio de las variantes

SARS-CoV-2 genome sequencing in Andalusia, methodology and study of variants

De Salazar Adolfo1; Fuentes-López Ana1; Viñuela Laura1; Camacho-Martinez Pedro2; Chueca Natalia1; Merino Laura2; Perez-Florido Javier3; Casimiro-Soriguer Carlos S.3; Dopazo Joaquín3; Lorusso Nicola4; García Federico1; Lepe José Antonio2

1 Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Clínico San Cecilio, Granada.
2 Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Virgen del Rocío, Sevilla.
3 Área de Bioinformática, Fundación Progreso y Salud.
4 Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, Consejería de Salud.

Actual Med. 2021; 106(814): 291-300 DOI: 10.15568/am.2021.814.rev03

Recibido: 19/09/2021
Revisado: 07/12/2021
Aceptado: 06/02/2022

RESUMEN

La incorporación de las técnicas de secuenciación genómica mediante secuenciación de nueva generación ha revolucionado la microbiología clínica, innovando y mejorando el diagnóstico clínico de las enfermedades infecciosas. Hoy en día, la secuenciación de genoma completo en enfermedades infecciosas tiene multitud de aplicaciones en virología, bacteriología, resistencia antibiótica, epidemiología y salud pública. Con la aparición del SARS-CoV-2, se ha visto subrayada la importancia del análisis y estudio de las secuencias genéticas. Desde la identificación inicial del SARS-CoV-2, hasta la fecha, se han compartido, a nivel mundial, más de 414.575 secuencias genómicas completas a través de bases de datos de acceso público. La capacidad de monitorizar la evolución viral casi en tiempo real tiene un impacto directo en la respuesta de salud pública a la pandemia de COVID-19.
En este trabajo se presenta la importancia de la secuenciación genómica en microbiología, enfermedades infecciosas, epidemiología y salud pública, y se describe cómo se ha implementado la secuenciación de SARS-CoV-2 en Andalucía, y cuales son los principales resultados hasta la fecha

Palabras clave: Secuenciación genómica; SARS-CoV-2; Variantes; Andalucía.

ABSTRACT

The incorporation of genomic sequencing techniques through next-generation sequencing has revolutionized clinical microbiology, innovating and improving the clinical diagnosis of infectious diseases. Today, whole genome sequencing in infectious diseases has many applications in virology, bacteriology, antibiotic resistance, epidemiology, and public health. With the appearance of SARS-CoV-2, the importance of the analysis and study of genetic sequences has been underlined. Since the initial identification of SARS-CoV-2, to date, more than 414,575 complete genomic sequences have been shared worldwide through public access databases. The ability to monitor viral evolution in near real time has a direct impact on the public health response to the COVID-19 pandemic.
This paper presents the importance of genomic sequencing in microbiology, infectious diseases, epidemiology and public health, and describes how SARS-CoV-2 sequencing has been implemented in Andalusia, and what the main results are to date.

Keywords: Genomic sequencing; SARS-CoV-2; Variants; Andalusia

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